নাম ‘ষাটগম্বুজ মসজিদ’ হলেও প্রকৃতপক্ষে এর গম্বুজ সংখ্যা ৮১টি। এর মধ্যে মূল নামাজ ঘরে ৭৭টি এবং চার কোণের বুরুজে ৪টি গম্বুজ রয়েছে।

১. ষাট সংখ্যাটি মূলত মসজিদের ভেতরের পাথর দিয়ে তৈরি ৬০টি স্তম্ভ বা খাম্বাকে নির্দেশ করে।
২. সাতাশি বা চৌষটি গম্বুজ বিশিষ্ট কোনো মসজিদ বাগেরহাটে খান জাহান আলীর নামে পরিচিত নয়।
৩. এটি ইউনেস্কো স্বীকৃত একটি বিশ্ব ঐতিহ্যবাহী স্থান (World Heritage Site)।

অতিরিক্ত তথ্য: মসজিদটি পঞ্চদশ শতাব্দীতে সুলতানী আমলের স্থাপত্য শৈলীতে নির্মিত।